پیگیری و ارزیابی
یک جزء بسیار مهم در قسمت روشها، نحوه پیگیری و ارزیابی بیماران به خصوص در مطالعات کارآزمایی بالینی و هم‌گروهی (کوهورت) می‌باشد. ذکر مدت زمان ، چگونگی و دفعات پیگیری و مشکلات انجام این کار باید ذکر گردد.
متغیرها
در برخی مقالات، فهرستی از متغیرهای مطالعه ارایه می‌شود. بدین ترتیب خواننده بخوبی از آنچه پژوهش و تحقیق بدنبال ثبت آن بوده آگاه می‌گردد. همچنین این بخش کمک بسیار خوبی به خواننده جهت تکرار مطالعه است. شیوه حذف متغیرهای مخدوش کننده را نیز شرح دهید.
تحلیل داده‌ها
اینکه چه روش‌هایی جهت دسته‌بندی داده‌ها و ورود به رایانه مورد استفاده قرار گرفته است در این بخش مطرح می‌شود. همچنین ذکر بیان تغییرات مهمی که به منظور آنالیز در داده‌ها ایجاد می‌شود ضروری است. جهت تجزیه و تحلیل نتایج داده‌ها آزمون‌های آماری گوناگونی بکار می‌رود که می‌باید بطور دقیق ذکر شوند. به عنوان مثال لازم است گفته شود که به منظور بررسی رابطه جنس و متغیرهای اسمی از آزمون مجذور کای استفاده شد. به همین ترتیب شرح نوع آزمون آماری در مورد سایر متغیرها نیز ضروری است.
نکته مهمی که اغلب فراموش می‌شود اشاره به چگونگی نمایش آماری تحلیل داده‌ها در قسمت نتایج است. به عنوان مثال در مورد میانگین باید مشخص شود که نمایش این مقدار به کدامیک از حالتهای میانگین به تنهایی، انحراف میانگین ± میانگین و معیار میانگین ± ۲ انحراف معیار بوده است. در واقع الگوی کلی نمایش داده‌های عددی در این قسمت بیان می‌شود تا از تکرار آن در بخش نتایج اجتناب گردد.
از دیگر نکات مهم در این قسمت، بیان میزان خطای مطالعه (مقدار α) و مقدار معنی‌دار بودن است.
توصیه مؤکد می‌شود که میزان قدرت مطالعه یا به عبارتی میزان خطای β را مطرح کنید. اگر در مطالعه‌ای اختلاف معنی‌داری بین متغیرها مشاهده شود، با بیان قدرت مطالعه نیز میزان اعتماد به این اختلاف مشخص
می‌شود. خطای β بیان کننده امکان نتیجه منفی کاذب است؛ به عبارت بهتر امکان آنکه اختلافی یافت نشود، اما چنین اختلافی وجود داشته باشد.
در مورد نرم‌افزار استفاده شده نیز می توانید توضیحات لازم نظیر نام نرم‌افزار و نسخه آن را بیان کنید، گرچه ذکر این مطلب در همه مقالات مرسوم نیست.
